李秀成选择先救秣陵关的关键原因，当然是太平军的水上力量薄弱，绝无任何可能打得过如狼似虎的吴军水师，只有在秣陵关这边的陆地战场上，江浙太平军才有可能靠着绝对的兵力优势获得胜利希望。
当然了，在初步掌握了吴军曹炎忠兵团的装备情况后，李秀成也知道这场仗就算有兵力优势也不好打，所以李秀成也没敢援军直接跑到秣陵关去和吴军在野战中硬碰硬，选择了一边命令李明成全力死守秣陵关关城和诸处营垒，逼着吴军强行攻坚争取时间；一边让部将黄呈忠增兵方山，牵制吴军侧翼，又让另一个轮天义练业坤去打朱门，断曹炎忠的补给粮道，妄图迫使曹炎忠一再分兵露出破绽，为兵力充足的江浙太平军创造突袭战机。
战术计划虽然不错，但是很可惜，李秀成这次碰上的是吴军目前最精锐也最强横的曹炎忠兵团，探得太平军出兵来打自己侧翼和抄自军后路后，曹炎忠不但没有急着分兵迎战，相反还选择了加紧对秣陵关的进攻，并恶狠狠的宣称道：“长毛爱打朱门让他们打去，喜欢增兵方山也让他们增去，老子就是只打秣陵关，看谁先急！”
就这样，在敌人的援军相距仅有十几里的情况下，也在后路粮道遭到太平军重兵猛攻的情况下，不到两万的吴军曹炎忠兵团以攻代守，出动大量精锐猛攻太平军的葛塘村，守葛塘寺的林正扬虽然凭借营防工事全力死守，无奈武器装备和吴军存在代差，麾下的江浙兵又战斗力不足，只坚持了半个白天就露出败象，不得不向秣陵关城中的李明成求援，李明成硬着头皮出动四千多预备队奔袭吴军右翼，连夜移驻到方山的黄呈忠也应邀出兵，亲自率军来打吴军的左翼。
战事规模因此迅速扩大，在曹炎忠的指挥下，四千吴军兵分两路左右出击，在无险可守的情况下直接列阵拦截，以击针枪和掷弹筒等优势武器弥补兵力劣势，迎头痛击左右来袭的太平军，受命攻坚的曹炎忠部将杨世林则完全把两翼托付给友军，带着麾下军队只是猛攻已经摇摇欲坠的太平军葛塘寺营地，三个战场全都是喊杀震天，枪声交织如麻，厮杀得不可开交。
从方山杀来的太平军黄呈忠部，靠着兵力和地形方面的优势，一度看到突破吴军阻击的希望，大批军队从吴军阻击阵地的侧翼迂回到了吴军后方，前后包夹住了只有两个营的吴军。然而就在黄呈忠料定吴军将要选择以方阵自保的时候，让他傻眼的事发生，两个营的吴军竟然向着他的旗阵所在发起了反冲锋，先是用掷弹筒炸乱他的中军前队阵形，然后以吴军之前赖以成名的排队枪毙战术列队推进，三十米开枪打得太平军前队一片大乱，顶着枪林弹雨不断逼近他的旗阵，黄呈忠别无选择，只能是放弃队形秩序，让麾下军队四面合围吴军，使出了九牛二虎之力才把吴军逼成方阵。然而两个营的吴军在列阵自保的同时仍然还在不断推进，缓慢而又不可动摇的坚持向黄呈忠的旗阵处逼近，察觉不妙的黄呈忠几次派兵冲击阻拦，都被吴军的排枪击退，死伤不小却毫无作用。
终于，在同样付出了一定伤亡后，吴军方阵始终还是推进到了黄呈忠旗阵的近处，躲藏在方阵中的吴军掷弹筒队果断开炮，一口气向黄呈忠的旗阵打出了三十多发掷弹筒炮弹，威力比手雷更大一些的掷弹筒炮弹接连落地爆炸间，保护黄呈忠的太平军队伍顿时一片大乱，黄呈忠本人也被弹片射伤，亲兵强行把满脸鲜血的黄呈忠架着逃出旗阵后，失去了指挥的太平军也迅速崩溃，士卒纷纷逃向来路，将领根本阻止不住，吴军在左翼战场上的阻击战也取得了完全胜利。
右翼战场上的太平军比黄呈忠军更加不堪，火枪远程对射中，一直都被训练有素的吴军将士以米尼枪配合击针枪死死压制，几次壮着胆子冲锋都被吴军的排枪齐射打退，从头至尾就没有任何的突破希望，而到了黄呈忠军崩溃之后，还没等吴军做出什么调整，右翼的太平军就已经大呼小叫着逃回了秣陵关。结果战后清点，吴军在右翼战场上仅仅只牺牲了十几名士兵，就干掉了超过四百人的敌人。
两翼援军都被吴军击溃后，早就已经支撑不住的葛塘寺太平军更是士气彻底崩溃，基层将领和士卒争先恐后的逃出营地，吴军杨正林部势如破竹，一鼓作气直接杀进了太平军营地内部，一直在辛苦支撑的林正扬也没了勇气再打下去，只能是一边大骂着友军的无能，一边带着残兵败将逃回秣陵关。曹炎忠则趁热打铁，立即轮换攻坚军队，同时向着秣陵关太平军在西北塘和高塘的另外两座营地发起进攻，信誓旦旦的要在一天之内拿下秣陵关太平军的所有外围营垒。
靠着欺负东南清军起家的江浙太平军在战斗力上确实有着重大欠缺，战斗意志更是无法与真正的一线精锐相比，既不擅长打恶仗硬仗，又更加害怕刺刀见红的肉搏战，炮火方面又在大量装备后装膛线炮的吴军曹炎忠部面前处于绝对劣势，基本上只要是被吴军火炮轰开营防，马上就能露出败象。所以激战到了天色全黑之后，随着吴军先后攻入太平军营地，太平军的西北塘和高塘两处营垒也先后宣布告破，败兵潮水一般的逃回秣陵关，职守秣陵关的李明成心惊胆裂，只能是赶紧再次派人赶往上方桥向李秀成再次求援。
“什么？！才一天时间，秣陵关外围的三座营垒就都丢了？！李明成是干什么吃的？黄呈忠是干什么吃的？曹炎忠那股妖兵，都是天兵天将下凡？练业坤，练业坤那边怎么样？有没有打下朱门？！”
根本不敢相信秣陵关能败得如此之惨的同时，不肯死心的李秀成又赶紧问起了朱门战况，结果得到的报告却是练业坤军虽然还在连夜攻打朱门小镇，却始终拿只有三个营兵力可用的朱门吴军毫无办法，在攻坚战中伤亡惨重却看不到任何的胜利希望，根本不敢保证什么时候能够拿下朱门，切断曹炎忠和吴军后方的联系。
除此之外，白天还发生了一件打击李秀成信心的事，那就是吴军水师在彻底切断了九洑洲太平军和陆上的联系后，又顺势夺占了江心洲和永定洲两座江心岛，全歼这两座江心岛上的太平军守军，成功获得了在南京战场上的立足地，吴军战船纵横水面，所向披靡，炮火已经可以直接威胁到南京西面城墙。残余的太平军水师则逃到了七里洲苟延残喘，既没有任何力量与吴军水师争夺制江权，还随时可能被吴军水师歼灭或者继续驱逐到下游。
“太小看曹炎忠这股妖兵了，也太小看妖兵的水师了，想不到他们分了兵还这么厉害，太轻敌了，本王实在是太轻敌了。”
也是到了这个地步，李秀成才真正明白轻敌的人其实就是自己，而不是分头行动的敌人曹炎忠和王孚，吴军水陆两军之所以敢分头行动，完全是建立在绝对的实力基础之上。但是明白这一点已经晚了，先不说洪秀全不可能答应，就是李秀成冒险抗旨，擅自带着主力撤回苏杭后方也来不及了——水路已断，曹炎忠兵团的主力又屯兵秣陵关外，吴军冯三保兵团也还在雨花台上虎视耽耽，仍然还有一战之力，李秀成即便勉强能带着一些军队逃走，主力也肯定得元气大伤。
最得李秀成信任的智囊李书香也一直在旁边愁眉苦脸，许久才小心翼翼的向李秀成问道：“忠王千岁，事情已经到了这个地步，我们接下来该怎么办？”
“悔不该和妖兵开战啊！当初如果让超越小妖从海路出兵去打清妖多好？我们何至于落到这个地步？”
李秀成叹息着答非所问，又盘算了许久后，李秀成才说道：“现在想撤已经来不及了，只能是和妖兵继续打下去，先稳住局面，然后再想其他办法收场。”
“忠王千岁的意思是，先打成僵持局面？然后再想其他办法收拾残局？”
李书香隐约明白了李秀成的真正打算，李秀成坦然点头，说道：“和妖兵的这次决战，我们赢是怎么都别想赢了，只能是不惜代价的顶住，打成僵持战消耗战，逼着超越小妖考虑接受其他结果，然后我们就有希望在谈判桌上体面的收场，做一些让步，换超越小妖退兵。”
“超越小妖会答应吗？”李书香很是担心的问道：“他有水上优势，粮草弹药的补给比我们容易得多，即便打成了僵持战，也是他占优势啊？”
“忘了被我们包围在雨花台上的冯三保这股妖兵了？他们没有粮草弹药的补给，是我们和超越小妖谈判的最好筹码。”李秀成向雨花台的方向努努嘴，又说道：“还有上海的妖兵和洋人也可以利用，只要我们多做出一些让步，换得洋人出面调停劝和也不是没有可能。超越小妖再厉害，能有洋人厉害？”
这里必须普及一个历史细节，历史上太平军第一次打上海的时候，英国军队炮击李秀成麾下的太平军，号称太平天国李鹤章的李秀成为了不给英国人开战的借口，下令不许还击，造成七百多名太平军将士无辜牺牲，李秀成本人也被弹片擦伤面部（载于《常胜军》和《太平天国史译丛》等史料），然而到了事后，李秀成却又答应了列强一年内不向上海发起进攻的要求。所以李秀成能够说出上面的话，千万别觉得奇怪……
言归正传，听了李秀成的方略后，一度都已经有些绝望的李书香这才重新燃起了一些希望，忙又建议道：“忠王千岁，那我们不妨早些做好准备，尽快派人去上海找洋人联系，看看能用什么代价换得他们答应劝和，先摸清楚洋人的价码，然后好做商量。”
李秀成疲惫的点了点头，说道：“好吧，明天我们仔细商量去和洋人联系的事。还有，给李明成和黄呈忠去道命令，叫他们不惜代价给我守住秣陵关，至少要给我守住十天，十天之内如果丢了秣陵关，那怕李明成是我亲弟弟，我也绝不轻饶！”
“还有练业坤那边，三天！三天之内，那怕他打不下朱门，也要给我逼着妖兵回兵去增援朱门！如果做不到，军法从事！”
李秀成不惜代价要把南京大战拉入僵持战的决策虽然正确，决心也十分坚决，但是很可惜，江浙太平军的战斗力和战斗意志却注定了很难达到李秀成所需要的目的。仅仅两天之后，经过一天多时间的昼夜进攻，虽然也付出了一定代价，吴军曹炎忠始终还是强攻拿下秣陵关城，彻底切断了李秀成主力和江浙大后方联系的大动脉，李秀成之弟李明成中弹重伤，即便侥幸被救回了李秀成的主力大营也一直昏迷不醒，黄呈忠也在秣陵关的外围战场上被吴军多次击败，始终没能在秣陵关保卫战中发挥多少作用。
朱门这边的情况大同小异，虽说为了完成李秀成的命令，太平军的轮天义练业坤先后两次亲自率军冲锋，却始终没能打进朱门小镇夺回镇子，同时自信满满的曹炎忠也始终没有派遣一兵一卒回去救援朱门，还是在成功拿下了秣陵关后，曹炎忠才分出一支军队回师朱门，轻而易举的击溃了已经疲惫不堪又士气坠入谷底的练业坤军，始终没有与芜湖后方失去联系。
满身血染的李明成被抬回李秀成面前后，虽然亲弟弟一直昏迷不醒模样十分凄惨，然而怒不可遏的李秀成还是当场剥夺了李明成的王宗爵位，下令将李明成贬为士卒，又重办了作战不力的练业坤和黄呈忠，亲自下令砍杀了二十几个带头逃命的将领。结果就在李秀成近乎歇斯底里的发泄愤怒的时候，一个忠殿卫士却连滚带爬的冲进了李秀成的中军大帐，没有行礼就疯狂大叫道：“忠王千岁，来了！来了！来了！”
“什么来了？说清楚点！”脾气正不好的李秀成怒吼问道。
“超越小妖！”卫士的回答让全帐人脸上变色，气喘吁吁的喊道：“我们天国最大的敌人！吴超越！超越小妖！亲自带着妖兵向天京来了！！”
李秀成的全身肌肉突然绷紧，指关节也攥得发白，脸色严峻的肃立了许久后，李秀成才一字一句的说道：“决定我们天国生死存亡的时刻，终于到了。”
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