定国回到云南后立即招募新兵三万人，日夜操练兵马，打造兵器盔甲，随时做好北伐准备，又命马兆熙在昆明主持会试。
试毕，诸生聚集于安西王府前拜谢恩典，定国吩咐左右每人赏钱三百串，并当场大声宣布道：“诸位且回家用心读书，静候佳音，不日大军北伐，收复失地，尔等便是父母官了！”
诸生再次谢恩，旋即各自散去。
再说去岁清军兵分两路大举南下，其中尚可喜与耿仲明一路尚未出发便陡生变故，有人控告耿仲明窝藏逃犯，耿仲明竟畏罪自杀。为不影响军心，清廷于是命其子耿继茂继承父爵，代父出征，协助尚可喜攻略广东。
永历四年十一月，广州沦陷，尚可喜与耿继茂屠杀广州军民七十余万。
而孔有德一路，则在湖南与广西交界处的龙虎关与明朝永国公曹志建部展开了拉锯战，双方激战一月有余，明军抵挡不住，连失龙虎关、灌阳、恭城等地，兵马折损过半，曹志建不得不带着残部退入深山之中。
拿下龙虎关后，桂林门户大开，孔有德遂分出一路兵马，取道全州，攻打严关，对桂林形成夹击之势。
不久，全州陷落，严关也随之失守，前线溃退下来的明军，沿途掳掠，桂林城内秩序顿时大乱。
形势危若累卵，然而瞿式耜自忖上次自己力排众议，坚持不退，硬是守住了桂林，这次见城中明军数量还有不少，又有卫国公胡一青、新兴侯赵印选、武陵侯杨国栋、宁远伯王永祚、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟等一干悍将，于是决定故技重施，据城死守。
为此，瞿式耜一面竭力筹措粮饷，一面鼓励诸将备战。哪曾想，这些养尊处优的公侯伯爵们早已成了惊弓之鸟，根本毫无斗志可言。
十一月初五日，从兴安传来塘报，说清军即将逼近桂林。瞿式耜急令新兴侯赵印选领兵出城，扼险防守，以为桂林屏障。
谁知前两年还在桂林保卫战中奋勇杀敌，屡败清军的赵印选此番见清军势大，不但畏缩不前，还与胡一青、王永祚、蒲缨、杨国栋、马养麟等人密谋，带着部众及家眷，抛下瞿式耜，弃城向西逃窜。
瞿式耜瞬间成了孤家寡人，他不禁气愤至极，捶胸顿足道：“国家把高官厚禄给尔等，百姓拿民脂民膏养尔等，今遂作如此散场乎？可耻！可耻！”
侍从武官见形势愈发危急，连忙备马请瞿式耜出城暂避，并劝说道：“大人乃是国家栋梁，一身关系国家安危，一旦突围出去，仍可号召四方豪杰，卷土重来！况且二公子经历千难万苦，方才从常熟赶来探望大人，只需暂避一时，父子就能团聚了！”
可瞿式耜却是挥手拒绝道：“吾乃留守，今日没能守住桂林，对不起朝廷，对不起陛下，还有何颜面顾及子女？”
言毕，吩咐众人自行逃命，旋即整理好衣冠，端坐于广西巡抚署衙大堂之中。
桂林总督张同敞乃是张居正的曾孙，此时正从灵川返回桂林途中，听逃难的百姓说城里人已走空，只有瞿式耜未曾离开。张同敞素来敬重瞿式耜，当即泅水过江，赶回城中。
见到瞿式耜，张同敞忍不住焦急地问道：“老师，形势危急，您打算怎么办？”
瞿式耜慨然言道：“吾乃留守，誓与此城共存亡！今日为国家而死，死得其所！汝并非留守，为何在此？”
张同敞听罢，心中一凛，当场表态道：“要死一起死！老师，难道您不许学生与您一起殉难么？”
说罢，也不管瞿式耜是否答应，便在一旁太师椅上坐下，两人于是一起饮酒对诗，边笑边哭，直至东方渐白。
天亮后，清军入城。线国安带兵率先冲进广西巡抚署衙，一眼就看见瞿式耜与张同敞二人端坐于太师椅上。
见是两个大官，线国安连忙朝着身后大喊一声道：“弟兄们，把这两个狗官给我捆了！”
几名清兵听到命令，立即冲上前去，瞿式耜却是视死如归，大声回应道：“要杀便杀，不得无礼！吾等在此坐等一夜，用不着捆绑！”
语毕，遂与张同敞昂首阔步，走出了署衙。
孔有德下令将瞿式耜和张同敞囚禁于叠彩山的山洞之中，并派人轮番规劝二人投降。奈何瞿式耜与张同敞一心求死，孔有德不得不降低期望，提出只要他们肯剃发为僧，便能免死，谁知却同样遭到了拒绝，无奈之下，孔有德于是决定亲自前去劝降。
走进牢房，孔有德客客气气地抱拳施礼道：“二位大人，久仰了！正所谓识时务者为俊杰，今明亡清兴乃大势所趋，又何必为那腐朽不堪的明朝白白送命？本王念你二位人才难得，若肯归降我大清，自有享不尽的荣华富贵！”
没等孔有德把话说完，瞿式耜已然愤怒地将话打断，破口大骂道：“狗汉奸！吾宁死千回，亦绝不降于鞑虏！”
孔有德听瞿式耜骂自己汉奸，不禁怒火中烧，但还是装出一副泰然自若的表情，继续劝说道：“瞿大人不必嘴硬，明朝已是穷途末路，只有弃暗投明才是唯一出路！”
瞿式耜冷笑一声，指着牢房墙壁上的绝命诗道：“今日既落入尔等狗贼手中，惟求一死，以谢天下！”
孔有德顺着瞿式耜手指的方向看去，只见牢房墙壁之上书有四行诗句，诗曰：“从容待死与城亡，千古忠臣自永长。三百年来息泽久，头丝犹带满天香。”
看完墙上的绝命诗，孔有德明白再劝也是徒劳，遂恼羞成怒道：“既然想死，本王就成全你们！来人，将此二人拉出去砍了！”
立刻就有刀斧手从外面一拥而入，将二人拉出牢房，径直押往仙鹤岩处死。
再说永历帝，在一天内接连得到广东、广西两省省会失陷的消息，自是惊恐万分。
司礼太监庞天寿认为梧州城内兵力薄弱，不可久留，应当立即撤离。众人虽赞成庞天寿的主张，然而对于逃往何处却是争论不休。由于肇庆、桂林皆被清军占领，最终只能选择逃往南宁。
去往南宁有陆路和水路两种选择，若走陆路难免行动迟缓，很容易被清军追上。而走水路虽说快捷，但毕竟船只有限，只够少量军队随行护驾，一旦遇到险情，将十分危险。
为了能够尽快躲避清军的兵锋，永历帝在权衡再三后，还是选择了走西江水路。
随着诏令下达，锦衣卫指挥使马吉翔仅用半天功夫，就将梧州城中所有能够航行的船只尽数收集过来。永历帝于是带着太后、皇后及诸皇子，在大学士文安之、严起恒等人的簇拥下，仓猝登船，向着南宁方向逃去。
船队到达浔州江面时，突然电闪雷鸣，狂风大作，不消片刻功夫竟乌云翻滚，天昏地暗，紧接着便是一场暴雨倾泻而下。
堵胤锡之子堵世明望着着舱外的暴雨，忧心忡忡道：“皇上，现在雨势越下越大，已然完全看不清江面上的情况，若强行冲雨而过，必定会有危险，一旦出现意外将无法挽回。微臣以为，还是在浔州码头暂避风雨吧！”
永历帝听说无法行船，忍不住喟然长叹一声，不知是在自言自语，还是在询问众人道：“莫非天要灭朕乎？如今前进受阻，若被清军追上，岂不等死？”
锦衣卫指挥使马吉翔见状，连忙上前好言安慰道：“皇上勿虑，宣国公率军追赶朝廷，已经到达浔州，有宣国公在此拦截清军，皇上定能够安然撤至南宁。”
听说宣国公焦琏赶到，永历帝就像抓住了救命稻草，顿时安心不少。
堵世明也跟着劝慰道：“皇上不必担心，暴雨倾盆，我船队走水路尚且行进艰难，清军多是北方人，从未遇过如此大雨，加之陆路泥泞难行，一时半会儿，断然无法追上！”
永历帝听完堵世明的分析，认为言之有理，心里总算踏实了下来，遂答应停船靠岸，待风雨停歇之后再继续前行。
且说宣国公焦琏率部抵达浔州，得知朝廷船队正停靠码头避雨，立刻下令全军赶往码头附近布阵，加强警戒。
此时，庆国公陈邦傅也从梧州退到了浔州。焦琏与陈邦傅本是亲家，他正发愁自己兵力捉襟见肘，听说陈邦傅的兵马到了，心中不禁大喜，立即赶往陈邦傅大营，邀其在此共同阻击清军，掩护朝廷船队安全撤离。
哪知陈邦傅早已做好了投降清军的打算，见到焦琏当即试探道：“吾等皆是败军之将，加之暴雨阻路，洪水泛滥，一旦被清军追上，便是死路一条！不知亲家可有打算？”
焦琏见陈邦傅言语消沉，毫不犹豫地慨然言道：“我看未必！在泥泞之中，骑兵的优势将大打折扣，你我联手，趁着暴雨主动出击，正是消灭清军的大好时机！”
奈何陈邦傅心意已决，根本听不进去焦琏的提议，他也不打算再隐瞒自己的想法，迫不及待地劝说道：“亲家，你这是异想天开，清军若果真如此容易击败，大明江山何至于此？如今生路只有两个字，那就是投降！”
听到投降二字，焦琏心中顿时腾起一股无名业火，但念及此刻自己正在人家的地盘，只得强压住怒火，装出一副若无其事的表情，淡淡问了一句：“庆国公，这么说，你是铁了心要降清军了？”
话已说破，陈邦傅自是再无顾忌，似笑非笑地反问道：“怎么，亲家你是要反对？”
焦琏看出陈邦傅面露杀气，只能顺着他的话继续往下说：“事已至此，看来也只有投降这一条路可走了！不过军中将士却未必都是同样的想法。”
见焦琏答应一同归降清军，陈邦傅自是喜出望外，上前一步附耳言道：“不妨，你只需跟将士们说，清军来势凶猛，投降不过权宜之计，待清军退去，吾等立刻反正！到时候进了清营，木已成舟，又有谁敢反对？”
“果然妙计，我这便赶回大营，向众将士宣布决定！告辞！”说完告辞，焦琏立刻转身匆匆离开陈邦傅大营，冒着风雨赶回军中。
事态危急，刚一回营，焦琏便立即调兵遣将，一面派信使火速登船，将陈邦傅叛变之事通报朝廷，催促船队赶紧驶离码头。一面亲自率兵封锁码头，阻击陈邦傅的人马靠近船队，图谋不轨。
信使冒雨登船，向永历帝禀报险情，永历帝听后大吃一惊，急忙回应道：“宣国公真乃忠义之士也！你且回去告诉宣国公，莫要与陈邦傅硬拼，尽快向南宁方向撤退，待退至南宁，朕定要封宣国公为王！”
信使旋即叩首告退，奉旨上岸复命去了。
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